Идея создания специального федерального государственного органа, занимающегося исключительно вопросами кадрового, организационного и ресурсного обеспечения судов, начала обсуждаться в судейском сообществе еще на первых всероссийских съездах судей. Шли бурные дискуссии о его подведомственности.

Так, на II Всероссийском съезде судей (1993) предложение о создании такого органа в целом было поддержано судейским сообществом, однако в отношении варианта его создания (в качестве самостоятельного органа или в структуре Минюста России) мнения делегатов разделились.

В постановлении III (внеочередного) съезда (1994) содержалось положение об учреждении Судебного департамента в рамках Минюста России. При этом формирование и деятельность Судебного департамента должны были проходить при участии и контроле со стороны органов судейского сообщества.

Делегаты IV (чрезвычайного) съезда (1996) рассмотрели проект федерального закона, разработанный по инициативе Совета судей РФ, с первоначальным названием «О Судебном департаменте при Верховном Суде Российской Федерации и входящих в его систему органах и учреждениях». Этот съезд получил название «чрезвычайный», поскольку на протяжении ряда лет судебная система находилась в кризисе из-за недофинансирования. Встал вопрос о невозможности дальнейшего осуществления правосудия в стране. Необходимо было быстро решать эти проблемы, в том числе путем создания подотчетного судейскому сообществу Судебного департамента.

Реализуя предложения съезда, Верховный Суд РФ внес в Государственную Думу проекты федеральных законов, одним из которых стал проект закона о Судебном департаменте при Верховном Суде. Документ получил поддержку законодателей, и через год Федеральный закон «О Судебном департаменте при Верховном Суде Российской Федерации» был принят.

Создание Судебного департамента стало важным этапом в развитии судебной системы России, внесло большой вклад в обеспечение ее эффективности и независимости.

Выступая на X Всероссийском съезде судей (2022), Председатель Верховного Суда РФ В.М.Лебедев отметил вклад Судебного департамента в работу по совершенствованию судоустройства, судопроизводства, правового статуса судей и обеспечению деятельности судов.

В настоящее время система Судебного департамента включает центральный аппарат (в том числе 2 главных управления, 10 управлений и 4 отдела), 84 территориальных органа и учреждение Судебного департамента (ФГБУ ИАЦ).

По состоянию на декабрь 2022 г. Судебный департамент осуществлял организационное обеспечение деятельности 9 кассационных судов общей юрисдикции, 5 апелляционных судов общей юрисдикции, Кассационного и Апелляционного военных судов, 85 областных и приравненных к ним судов общей юрисдикции, 2111 районных (городских, межрайонных) судов, 10 арбитражных судов округов, Суда по интеллектуальным правам, 21 арбитражного апелляционного суда, 83 арбитражных судов субъектов РФ, 9 окружных (флотских) военных судов, 100 гарнизонных военных судов, органов судейского сообщества, финансирование 7052 мировых судей.

С 2000 г. Судебным департаментом руководит Генеральный директор А.В.Гусев. В связи с важной памятной датой А.В.Гусев на официальном сайте Судебного департамента обратился к коллегам и ветеранам с поздравлением, в котором названы основные достижения: «Нам есть чем гордиться. За 25 лет проделана колоссальная работа. Удалось добиться необходимого уровня финансирования судебной деятельности. На качественно новый уровень поставлена вся инфраструктура судов, обновлена и укреплена материальная база судебной системы. Значительные успехи достигнуты в обеспечении государственных гарантий независимости судей, безопасности судебной деятельности, повышения профессионального уровня судей и работников судебной системы».

Отмечая дальнейшие перспективы, А.В.Гусев подчеркнул повышение роли современных информационных технологий и сервисов в деятельности судебной системы, которые помогают делать правосудие более открытым, прозрачным и доступным для граждан.

Поздравление коллективу Судебного департамента направил председатель Второго арбитражного апелляционного суда В.А.Устюжанинов. В нем, частности, упоминается большой вклад Судебного департамента в претворение в жизнь принципиальных решений органов судейского сообщества, содержатся добрые слова в адрес работников, которые успешно трудятся над выполнением возложенных на них задач.